Atualmente, o casarão central abriga o principal espaço expositivo do Museu do Índio - onde são apresentadas as exposições de longa duração - , o espaço Museu das Aldeias - onde ocorrem as exposições de curta duração - e a Biblioteca Marechal Rondon.
O espaço Museu das Aldeias abriga um conjunto de salas no casarão central para exposições temporárias realizadas em parcerias com os povos indígenas feitas, principalmente, a partir do Programa Índio no Museu.
Instalada no andar térreo do casarão, a biblioteca ocupa uma área totalmente climatizada, de 150 metros quadrados, distribuídos entre sala de leitura, sala multimídia, acervo e sala de processamento. Disponibiliza publicações e vídeos sobre etnologia indígena, antropologia e política indigenista para estudantes, pesquisadores e público em geral.
As exposições exibidas no Muro do Museu do Índio já fazem parte da paisagem da rua das Palmeiras, em Botafogo. Ocupando o espaço com até 20 painéis fotográficos, as mostras chamam a atenção de quem passa pelo local e divulgam aspectos socioculturais dos povos indígenas de todas as regiões do país.
O mais novo espaço expositivo do Museu do Índio reúne cerca de trinta painéis fotográficos que apresentam ao público a diversidade cultural dos povos indígenas brasileiros.
A construção de casas e pátios indígenas no jardim do Museu do Índio tem sido um bom recurso para informar sobre a diversidade cultural e a contemporaneidade dos povos indígenas brasileiros. As casas dizem muito sobre uma sociedade e seu modo de organização. Formas, divisão, função do espaço interno e materiais de construção dão pistas sobre o modo de vida e a visão de seus moradores.
Um espaço de multiuso que se dedica fundamentalmente a divulgação da arte indígena, uma das mais importantes e significativas manifestações culturais do Brasil.
O Auditório do Museu do Índio funciona na Galeria de Arte, um espaço de multiuso, onde acontecem recepção de público, cursos, palestras e exposições.
O espaço destinado a comercialização do artesanato é uma ação do Programa Índio e Arte, que visa incentivar a documentação e preservação de padrões da cultura material e, simultaneamente, garantir uma fonte de recursos sustentável para os povos indígenas.
É um espaço destinado ao armazenamento do acervo onde as obras são mantidas em condições ambientais adequadas a sua conservação, acondicionamento e segurança. Reúne chapas de vidro e negativos fotográficos, imagens digitalizadas em diferentes suportes, publicações, documentos textuais e objetos etnográficos.
O Museu do Índio possui três reservas técnicas etnográficas, duas textuais e duas imagéticas. Nas reservas estão abrigados milhares de documentos produzidos pelos povos indígenas, pela Comissão Rondon, Conselho Nacional de Política Indigenista, Serviço de Proteção ao Índio, Fundação Nacional do Índio, Museu do Índio, Fundação Brasil Central e arquivos pessoais do Marechal Rondon, Alípio Bandeira, entre outros.
