Preservar e promover o patrimônio cultural dos povos indígenas por meio de pesquisa, documentação, divulgação e diversas ações de fortalecimento de suas línguas, culturas e acervos, prioritariamente aqueles em situação de vulnerabilidade.
O trabalho desenvolvido pela equipe do Museu do Índio pretende divulgar uma imagem correta, atualizada e sem preconceitos sobre os povos indígenas, fornecendo informações qualificadas e contribuindo, assim, para uma maior conscientização da importância das culturas indígenas, o reconhecimento e respeito por sua diversidade.
O Museu do Índio tem sua competência institucional estabelecida pelo Decreto n. 7.778 de 27 de julho de 2012 que aprova o Estatuto da Fundação Nacional do Índio. De acordo com sua Seção VI – Do órgão científico-cultural, Art. 24, ao Museu do Índio compete:
I - resguardar, sob os aspectos material e científico, as manifestações culturais representativas da história e tradições das populações étnicas indígenas brasileiras, e coordenar programas de estudos e pesquisas de campo, nas áreas de Etnologia Indígena e Indigenismo, e divulgar estudos e investigações sobre as sociedades indígenas;
II - planejar e implementar a política de preservação, conservação e proteção legal dos acervos institucionais - etnográficos, textuais, imagéticos e bibliográficos - com objetivo cultural, educacional e científico;
III - coordenar o estudo, pesquisa e inventário dos acervos para produzir informações sistematizadas e difundi-las à sociedade e, em especial, aos povos indígenas;
IV - implementar ações para garantir a autoria e propriedade coletiva dos bens culturais das sociedades indígenas e o aperfeiçoamento dos mecanismos para sua proteção;
V - coordenar e controlar as ações relativas à gestão de recursos orçamentários e financeiros; e
VI - coordenar e controlar contratos, licitações, convênios, ajustes e acordos, gestão de pessoal, serviços gerais, material e patrimônio, manutenção, logística e eventos no seu âmbito.