O Museu do Índio tem como responsabilidade, enquanto unidade da Fundação Nacional do Índio – FUNAI, a implementação de pesquisas e projetos de documentação voltados para a preservação do conhecimento dos povos indígenas e a capacitação de pesquisadores indígenas para o seu registro. Nesse sentido, as ações do Museu do Índio são voltadas para a documentação, o cadastramento, a salvaguarda e a difusão do conhecimento pertencente a esses povos, especialmente aquele em situação de risco de desaparecimento ou sob a guarda do Museu do Índio, visando torná-lo acessível à sociedade brasileira em geral e, em particular, às próprias sociedades indígenas.
Documentar, cadastrar, salvaguardar e difundir o conhecimento pertencente aos povos indígenas, sob a guarda do Museu do Índio e de suas unidades descentralizadas, especialmente aquele em situação de risco de desaparecimento, visando torná-lo acessível à sociedade brasileira em geral e, em particular, às sociedades indígenas.
Desenvolver estudos, projetos e oficinas de pesquisa e documentação de línguas,culturas e acervos, com a capacitação de pesquisadores indígenas e não indígenas.
Realizar atividades que contribuam para a preservação , divulgação e valorização do patrimônio cultural dos povos indígenas. As atividades envolvidas abrangem projetos tais como eventos culturais, parcerias com museus e realização de pesquisa, entre outros.