O Museu do Índio foi criado, em 1953, no Serviço de Proteção aos Índios – SPI, agência do Governo encarregada de dar assistência aos índios no Brasil.
No início da década de 60, o Museu foi transferido para o Conselho Nacional de Proteção aos Índios – CNPI, órgão responsável pelo assessoramento e formulação da política indigenista oficial da época. Em 1967, o Governo militar resolveu reunir o SPI, o CNPI e o Museu em um único órgão, a Fundação Nacional do Índio- FUNAI, onde a instituição está inserida até hoje.
Atualmente, o Museu do Índio é uma importante instituição de pesquisa sobre línguas e culturas indígenas. Tem sob sua guarda documentos relativos à maioria das sociedades indígenas contemporâneas, constituídos de 15 mil 840 peças etnográficas e 15 mil 121 publicações nacionais e estrangeiras, especializadas em etnologia e áreas afins. Seus diversos Serviços são responsáveis pelo tratamento técnico de 76.821 registros audiovisuais e 833.221 documentos textuais de valor histórico e contemporâneo.
O casarão onde hoje se localiza o Museu do Índio é um exemplo da arquitetura neoclássica que predominou na cidade do Rio de Janeiro durante o século XIX. Este estilo veio para o Brasil com a chegada da Família Real Portuguesa, em 1808, e com a abertura dos portos brasileiros às nações amigas. Acabou sendo instituído como padrão de elegância européia que predominava na época.
De acordo com as informações contidas nos documentos pertencentes ao arquivo textual do Museu do Índio, a construção foi construído, em 1880, a pedido de um dos maiores empresários da incipiente indústria alimentícia daquele tempo, João Rodrigues Teixeira, para servir de moradia a sua família. Com o falecimento da viúva do empresário, em 1943, seus filhos decidiram vender o imóvel, que foi adquirido pela União e integrado ao patrimônio do Ministério do Interior – Minter.
Após as necessárias reformas na área interna para que pudesse abrigar a instalação de um órgão público, a primeira entidade a ocupar o casarão foi o ISEB – Instituto de Superior de Estudos Brasileiros – cuja sede foi inaugurada, em 1956, pelo então presidente, Juscelino Kubitschek. Até 1964, quando foi extinto, o ISEB funcionou neste local.
Depois desta data, o prédio voltou a ser ocupado pelo Ministério do Interior, que construiu um anexo no lado direito do terreno. Na parte de cima deste anexo, funcionava o Projeto Rondon, enquanto a parte de baixo servia de garagem.
Em 1978, o espaço foi cedido à instalação do Museu do Índio, órgão da Funai, que desde 1990 está subordinado ao Ministério da Justiça. O prédio que abrigava anteriormente o Museu do Índio, no Maracanã, existe até hoje e era administrado pela Companhia Nacional de Abastecimento e o Ministério da Agricultura, antes de ser comprado pelo Governo do Estado do Rio de Janeiro para dar lugar a um estacionamento e um centro de compras anexo ao estádio do Maracanã para a Copa do Mundo de 2014.
O casarão que abriga, atualmente, o Museu do Índio/FUNAI foi tombado como patrimônio de preservação cultural do País em 22 de fevereiro de 1967. Vinte anos depois, a construção também passou a ser considerada patrimônio do município do Rio de Janeiro, pelo decreto 6934, de 9 de setembro de 1987.
A construção do atual museu forma um conjunto arquitetônico com prédios do mesmo período na Rua das Palmeiras e outros no bairro de Botafogo, como a Casa de Rui Barbosa e o Museu Villa-Lobos; e na cidade, como a Casa França-Brasil e o Palácio do Itamaraty.
